虽然祝由有着神奇的疗效，但我们也不能无限地神化它，不能认为它无所不能，也不能认为它什么病都能治好，你千万不能把它当成包治百病的神奇疗法。
首先 ，人的生老病死是个自然规律。病情到了某种程度，病人到了该死的时候，他整个身体衰弱了、能量已经耗尽了，他的生命也该结束了。
其次，有些患者和你的缘分不到。所谓缘分，就是他对你的信心，是不是愿意很好地接受你的治疗，听从你的医嘱。有些人由于对祝由疗法不了解，他会产生怀疑心态，这种怀疑心态就会形成一种屏障，阻碍你调动能量进入他的体内，这样疗效就不会明显，这就是所谓“信则灵，不信则不灵”的道理。
祝由医学
清朝名医徐大椿在其着作《医学源流论》中说到：“人之受邪也，必有受之之处，有以召之，则应者斯至矣。夫人精神完固，则外邪不敢犯，惟其所以御之之具有亏，则侮之者斯集。凡疾病有为鬼神所凭者，其愚鲁者，以为鬼神实能祸人；其明理者，以为病情如此，必无鬼神，二者皆非也。夫鬼神，犹风寒暑湿之邪耳。卫气虚则受寒，荣气虚则受热，神气虚则受鬼。盖人之神属阳，阳衰则鬼凭之，《内经》有五脏之病，则现五色之鬼。
《难经》云：脱阳者见鬼。故经穴中有鬼床、鬼室等穴。此诸穴者，皆赖神气以充塞之。若神气有亏，则鬼神得而凭之，犹之风寒之能伤人也。故治寒者壮其阳，治热者养其阴，治鬼者充其神而已。其或有因痰因思因惊者，则当求其本而治之。故明理之士，必事事穷其故，乃能无所惑而有据。否则执一端之见，而昧事理之实，均属愦愦矣。其外更有触犯鬼神之病，则祈祷可愈。至于冤谴之鬼，则有数端，有自作之孽，深仇不可解者；有祖宗贻累者；有过误害人者，其事皆凿凿可征。似儒者所不道，然见于经史，如公子彭生、伯有之类甚多，目睹者亦不少，此则非药石祈祷所能免矣。”
道教符咒治病，比较典型的是《祝由十三科》。《天医祝由科流传奥旨》云：“上古先贤流传法家十三科，内载此科，乃轩辕秘制符篆五十八字。并各祖秘典，治疗男女内外小儿诸般疾病，驱邪缚魅等患……其法以三字成一象，三才合一之妙。尚字为将字，食字为兵字，各字为疴字。以一将一兵而却沉疴也。”但是据此书所述，祝由法不仅有符咒，也用一些药物的，比如醋、姜汁、猪胆等。而这些药物在治疗过程中，也是发挥了一定功效的。唐朝太医署中就有“咒禁博士一人，从九品下。掌教咒禁祓除为厉者，斋戒以受焉。”在唐代着名道医孙思邈所着《孙真人备急千金要方》中也有提到符咒、禳解之法。
用符咒法与人治病的历史，最早可追朔到远古时代。据《黄帝内经·移精变气论》说：“黄帝问：余闻古之治病，惟其移精变气，可祝由而已。今世治病，毒药治其内，针石治其外，或愈或不愈，何也？”可见，上古治病，主要是用“祝由术”，其次才是针灸药石。《祝由十三科》记载：“轩辕氏象鸟兽之足印，制为符篆。又听兽之声音，造为咒语，专治精神各病。后人广其义，以梵语化为符篆，神而名之……有不可思议之神效焉。”《轩辕黄帝祝由科十二序》中曰，符箓“以治男女诸疫病，凡医药、针灸所不及者，以此佐治，无不投之立效。”而东汉时期的道教创始人张道陵以及后人也擅长此术，常用咒语与符水为百姓治病解厄。虽说用符箓法疗疾不能包治百病，但对某些病症确实有效，里面包含有一定的科学道理。
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何谓祝由医学？
最早的医生不是用针石药物来治病，而是用“祝由”的方式。“祝由”就是用向天祝告，以及利用符咒的方式来治疗疾病。
祝由是一种古老的实用医术，其历史可远溯上古，如《黄帝内经·素问·移精变气论篇第十三》载：“黄帝曰：余闻古之治病，惟其移精变气，可祝由而已”；《圣济总录·卷四·治法》载：“周官疡医，掌众疡祝药劀杀之齐，必先之以祝，盖医之用祝尚矣”；《古今医统大全·卷一·历代圣贤名医姓氏》载：“上古神医，以菅为席，以刍为狗。人有疾求医，但北面而咒，十言即愈。古祝由科，此其由也”。时人治病用药，而古人只要对病人移易精神和改变气的运行即可。足见“祝由”治病的玄妙，数千年以来，祝由作为道医体系不可分割的一部分，广泛流传于民间，并为历朝官方所承认。但由于此术高深莫测，普通人难以窥见其真实面目，所以一直以来都笼罩着神秘的光环。
从道教方面看，巫祝乃是道教的远古渊源。《说文》中对“巫”的解释是，“巫，祝也，能齐肃事神明者，在男曰觋（xí），在女曰巫。”这在道教的仪式与道医的治疗手段方面可见一斑。另外，道教之“道”便来源于古代的“神道涉教”，道教中的符箓、禁咒等，也是来源于远古巫术。道教医学中运用的针灸、祝禁等医疗手段，显然也是由远古巫术流传发展而来。由于道医治疗手段的多样以及身份中浓厚的原始宗教色彩，所以道医常常带有一定的巫医以及神仙医药等方面的神秘色彩。故此，道教医学和道教文化以及民间原始宗教文化是同源之水，都滋润了中国医学与中国传统文化的成长，给我们留下了宝贵的历史财富。
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